Lembaga DPRD Kabupaten Raja Ampat dibentuk pada tanggal 27 Oktober 2004 Sejak pengambilan sumpah dan janji 20 anggota DPRD periode 2004-2009 di Kabupaten Raja Ampat. Sejak itu, untuk pertamakalinya DPRD Kabupaten Raja Ampat dinyatakan secara resmi sebagai lembaga DPRD yang mejalankan tugas, fungsi dan wewenangnya.
Setelah dilantik, maka untuk menunjang kinerjanya, lembaga DPRD Kabupaten Raja Ampat menggunakan bekas kantor pengadilan cabang Saonek sebagai sekretariat Dewan Kabupaten Raja Ampat. Karena kondisi sarana dan prasarana penunjang yang masih kurang, maka kegiatan sidang atau rapat lebih banyak dilakukan di kota Sorong dengan menyewa ruang pertemuan di hotel tanjung dan beberapa hotel lainnya di kota Sorong.
Selama perioede 2004 – 2009 Lembaga DPRD Kabupaten Raja Ampat lebih banyak melakukan rapat-rapat di kota Sorong karena masih terbatasnya sarana dan prasarana penunjang di kabupaten Raja Ampat.
Pada tahun 2009, pemerintah daerah membangun gedung perkantoran sehingga bekas kantor bupati Raja Ampat di Waisai, diserahkan kepada lembaga DPRD Kabupaten Raja Ampat untuk digunakan sebagai kantor DPRD Kabupaten Raja Ampat. Maka sejak itu seluruh kegiatan DPRD Raja Ampat di fokuskan di kota Waisai.
DPRD Raja Ampat saat ini telah memasuki masa ketiga sejak dibentuk pada tanggal 27 Oktober 2004. Periode pertama tahun 2004 – 2009, periode kedua tahun 2009 – 2014 dan periode ketiga tahun 2014 – 2019.(SKW)